Facteurs de transcription



On retrouve parmi eux les trois motifs classiques d'interaction avec l'ADN :

Le motif HTH

Les représentants les plus anciens sont la protéine CAP ("catabolite activator protein") procaryote (PDB:), le répresseur du phage l (PDB: ) et l'homéodomaine "engrailed" des eucaryotes (PDB:). Le domaine contient habituellement 3 hélices dont les deux dernières forment le motif HTH. La troisème hélice est l'hélice de reonnaissance qui se fixe dans le grand sillon de l'ADN. Le tour contient 3-4 acides aminés. Les deux dernières hélices forment un angle de 120° entre elles. Mais à côté de ce schéma classique, apparaissent des composants supplémentaires. Certains interagissent avec l'ADN (extensions N- ou C- terminales; une boucle flexible appelée "aile"), d'autres sont des modificationsde l'architecture canonique (changement dans la taille et la forme du tour; de disposition des hélices) qui brouillent un peu la généralité du modèle. A titre d'exemple, le répresseur purine (PurR) en présence de son co-répresseur (hypoxanthine) interagit avec son site opérateur de deux façons: classiquement par un motif HTH (sauf que ce sont les hélices 1 et 2 qui forment le motif HTH, au lieu des hélices 2 et 3). Une hélice supplémentaire sert de charnière; elle s'associe avec la même hélice de l'autre monomère (par des interactions hydrophobes) pour se fixer ensemble dans le petit sillon, positionnant ainsi les deux monomères et surtout servant de levier pour ouvrir le petit sillon et tordre l'ensemble.

Facteurs de transcription

Homéodomaines